دفتر واردات گمرک ایران در بند «۱» بخشنامه شماره ۳۱۹۲۸/۱۱۳/۳۲۳/۷۳ مورخ 7/4/1391 با عنایت به مواد ۱۵ و ۱۶ قانون مناطق آزاد تجاری - صنعتی، ماده ۱۱ قانون مناطق ویژه اقتصادی و نیز بند «ب» ماده ۱۱۲ قانون برنامه پنجم توسعه مقرر کرده: «حقوق ورودی قطعات و مواد خارجی به‌کار رفته در کالاهای تولید یا پردازش شده در مناطق آزاد تجاری-صنعتی و ویژه اقتصادی، هنگام ورود به سرزمین اصلی به ‌میزان درصد ارزش افزوده (تعیین شده از سوی کمیسیون تعیین ارزش افزوده) کسر و مابقی اخذ خواهد شد.

‌این در حالی‌ است که با دقت در مواد قانونی یادشده که مبنای صدور این بخشنامه بوده، درمی‌یابیم قانونگذار در مواردی که واردکننده قصد ورود کالاهای تولید یا پردازش شده (نه قطعات و مواد اولیه) از این مناطق به قلمرو گمرکی را دارد، معافیت از حقوق ورودی به میزان ارزش افزوده را برای آنان در نظر گرفته است.

ماده ۱۱ قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی مصوب 11 خردادماه 1384 در این زمینه مقرر کرده: «کالاهای تولید و یا پردازش شده در منطقه، هنگام ورود به سایر نقاط کشور به‌میزان مجموع ارزش افزوده و ارزش مواد اولیه داخلی و قطعات داخلی به‌کار رفته در آن مجاز و تولید داخلی محسوب و از پرداخت حقوق ورودی معاف خواهد بود». به‌عبارت دیگر به این مفهوم است که واردکننده علاوه بر یک معافیت مالیاتی در واردات به اسم مواد اولیه، با کمترین پردازش روی محصول وارداتی، آن را در زمره محصولات تولید داخل تعریف کرده و بار دیگر از مزیت معافیت مالیاتی استفاده می‌کند و در اینجا تعریف درستی از محصول تولید داخل بیان نمی‌شود.

بنابراین اجرای این بخشنامه خلاف قانون، در تعدادی از گمرکات اجرایی ناظر به مناطق آزاد تجاری-صنعتی و ویژه اقتصادی موجب شده تا برخی از شرکت‌های صنعت مونتاژ در سطح کشور، با وجود پرداخت حقوق ورودی قطعات و مواد اولیه (که به‌مراتب کمتر از کالای کامل و پردازش شده است) بخشی از همین مبالغ را با تائید کمیسیون ارزش افزوده گمرکات موجود در این مناطق بازپس گرفته و علاوه بر تضییع حقوق و عوارض دولتی، شرایط سخت‌تری برای تولیدکنندگان داخلی که امکان حضور در مناطق آزاد و ویژه را ندارند، به‌وجود آورد.

به‌نظر می‌رسد بخشنامه دفتر واردات گمرک جمهوری اسلامی ایران، نظر به تعارض صریح آن با مواد ۱۵ و ۱۶ قانون مناطق آزاد تجاری-صنعتی، ماده ۱۱ قانون مناطق ویژه اقتصادی، بند «ب» ماده ۱۱۲ قانون برنامه پنجم توسعه و اثرات سوء آن بر اقتصاد کشور حسب توضیحات فوق‌الذکر، خلاف قانون بوده و باید باطل شود.