در سال ۱۳۹۲ یکی از نگران‌کننده‌ترین آمارهایی که منتشر می‌شد، آمار مربوط به قاچاق کالا بود که گفته می‌شد به مرز ۲۵ میلیارد دلار رسیده است. آن زمان انگشت اتهام ناتوانی و گاه قصور و اهمال برای این حجم از قاچاق کالا، معمولا به سمت گمرک ایران، مناطق آزاد، ستاد مبارزه با قاچاق کالا و... اشاره می‌رفت.

گمرک ایران در این موضوع مورد سوال قرار می‌گرفت که چرا در مرزهای کشور کنترل لازم  بر ورود و خروج انواع کالا صورت نمی‌گیرد؟ شاید به همین دلیل بود که با تغییر دولت و روی کار آمدن وزیر جدید اقتصاد و دارایی و معارفه مسعود کرباسیان به‌عنوان رئیس کل گمرک ایران، وی اولین اولویت خود را راه‌اندازی سامانه جامع گمرکی قرار داد که قطعا اکنون نیز مهم‌ترین دستاورد گمرک جمهوری اسلامی در دولت یازدهم به حساب می‌آید.

این سامانه اکنون گمرک ایران را با ۲۱ سازمان مرتبط به خود از جمله بانک مرکزی، سازمان امور مالیاتی، سازمان ملی استاندارد، اتاق بازرگانی و صنایع و معادن ایران، سازمان غذا و دارو، سازمان توسعه تجارت، نیروی انتظامی، سازمان حفظ نباتات، سازمان دامپزشکی کشور متصل کرده و به این ترتیب تبادل اطلاعات و صدور مجوزها از طریق این سامانه  و به‌صورت الکترونیکی انجام می‌شود.

به گزارش ایسنا، اما هنوز هم گمرک ایران با مشکل عدیده‌ای روبه‌روست. گمرک ایران هنوز هم متهم است که در پیشبرد امور مهم گمرک ایران، کند عمل کرده و می‌بایست در سال‌های گذشته حداقل دو موضوع مهم تجهیز ایکس‌ری‌ها و شفاف‌سازی در زمینه کدهای تعرفه‌ها را به ثمر می‌رساند.

«ایکس‌ری»، موضوعی است که معمولا گمرک ایران در ارتباط با آن زیاد مورد بازخواست قرار می‌گیرد. از این جهت که بسیاری انتقاد می‌کنند چرا با وجود حدود ۶۰ گمرک فعال در کشور فقط ۱۱ ایکس‌ری وجود دارد. البته همه گمرک‌های داخلی به ایکس‌ری نیاز ندارند ولی به هر حال ۱۱ عدد ایکس‌ری برای گمرک‌ها بسیار کم است. از سوی دیگر همین تعداد ایکس‌ری موجود نیز سیستم پیشرفته‌ای ندارد، قادر به تشخیص جزئیات نیست و کند عمل می‌کند.

نتیجه چنین امری این شده است که معمولا متهم بخش مهمی از کالاهای قاچاق شده از جمله میوه، دستگاه‌های کم و بدوی ایکس‌ری ایران شناخته می‌شوند که قادر به تشخیص درست و حجم محصولات وارداتی نیستند.

البته گمرک ایران خود نیز بابت دستگاه‌های ایکس‌ری ابراز نارضایتی کرده است. چندی پیش فریده زبیدی، مدیرکل مبارزه با جرائم سازمان یافته گمرک گفته بود که برای پیش‌برد امور به تجهیزات نیاز داریم و بدون این تجهیزات امکان شناسایی بسیاری از کالاهای قاچاق به‌ویژه مواد مخدر بسیار کم است و تعداد کم دستگاه‌های ایکس‌ری سبب شده است تا درصد خطا بالا برود. ضمن این‌که از این تعداد دستگاه‌های موجود، تعدادی هم از رده خارج‌ هستند. در چنین شرایطی مسلما قاچاقچی هم برخی اطلاعات را کسب می‌کند و حتی در مواردی ممکن است ابتدا در حجم کمتر تست کند و وقتی ببیند محموله رد می‌شود، با حجم بالاتر اقدام کند.

مدیرکل مبارزه با جرائم سازمان یافته گمرک درباره بودجه گمرک در سال ۱۳۹۴، بیان کرد: در سال ۱۳۹۴ آنچه مصوب شد یک میلیارد و ۹۰۰ میلیون تومان بود که از این مقدار در نیم سال اول ۱۳۹۴ فقط ۲۰۰ میلیون تومان به حساب گمرک واریز شد. این در حالی است که هر دستگاه ایکس‌ری کامیونی ۲۰ تا ۲۴ میلیارد تومان قیمت دارد.

گمرک ایران، همواره متهم بوده کدهای تعرفه غیر شفافی دارد که امکان واردات برخی کالاها را در فحوای این کدهای تعرفه فراهم کرده است. کدهای تعرفه‌ای که غالبا با سایر... همراه است؛ مثل سایر میوه‌های تازه.

همچنین گمرک ایران در فرآیند تجهیز کردن خود، هنوز به تجهیز سیستم ارائه اطلاعات خود از طریق پاورپوینت ورود نکرده است. بسیاری از فعالان اقتصادی انتقاد می‌کنند که علاوه بر غیر شفاف بودن و ناروشن بودن بسیاری از کدهای تعرفه، استفاده از سیستم اطلاع‌رسانی گمرک ایران در رمینه واردات و صادرات که هنوز طراحی بدوی دارد و تجهیز نشده، معمولا بسیار دشوار و با خطاهایی همراه است که به موجب آن بسیاری ترجیح می‌دهند که برای اطلاع از میزان ورود و خروج از سامانه اتاق بازرگانی استفاده کنند. این در حالی است که به زعم بسیاری از کارشناسان امر، اطلاعات گمرک ایران دقیق‌تر و جامع‌تر است.

نیروی انسانی گمرک ایران در تمامی سطوح، همواره متهم بوده که در موارد بسیاری برای واردات و صادرات کالای قاچاق، با متخلفان هم دستی می‌کند. بعضا نیز اتفاقاتی می‌افتد که این اتهامات تا حدی تائید می‌شود مثل آنچه در ماجرای واردات ۲۱۰ کانتینر کالای قاچاق به کشور رخ داد و شش مامور گمرک ایران در این جریان بازداشت شد. موضوع نیروی انسانی مساله‌ای است که گمرک ایران باید سریع‌تر به طرق کارشناسی شده به آن رسیدگی کند. از طریق به کار بستن مکانیزم‌های کنترلی، آموزش و..