‌محسن کوهکن نماینده مردم لنجان در مجلس شورای اسلامی، در تذکری منطبق بر بند 7 از ماده 22 آیین‌نامه داخلی مجلس خطاب به علی مطهری که بر کرسی ریاست مجلس نشسته بود، گفت: دوست داشتم، آقای لاریجانی الان رئیس جلسه بودند چون تذکر من مربوط به شخص شما است و بهتر بود با ایشان مطرح می‌شد، چرا‌که به نظرم زیبنده اعضای هیات‌رئیسه نیست که نامه‌ای بنویسند و مطالبی را بگویند که خوراک تبلیغاتی برای بیگانگان باشد.  

کوهکن با بیان این‌که نباید به‌گونه‌ای صحبت کنیم یا بنویسیم که سوء برداشت شود، تصریح کرد: ‌من شما را متهم نمی‌کنم ولی انتظار دارم طوری بگویید و بنویسد که دشمنان نظام چنین برداشتی نکنند. 

صحبت‌های کوهکن البته بی‌جواب نماند، علی مطهری که پدرش را منافقین، گروه فرقان، ترور کرده و به شهادت رساندند. در پاسخ به کوهکن گفت: این‌که مسائل را با هم مخلوط کنیم،‌ کار درستی نیست. هر وقت به ‌یک مساله فرهنگی می‌پردازیم، می‌گویید این همه مشکل فرهنگی داریم، چرا سراغ این مساله می‌روید؟ هر مساله‌ای باید در جای خود بررسی شود، این‌طور نیست که ما فقط به یک بعد جامعه بپردازیم. از سوی دیگر این‌که می‌گویید امام زیر سوال رفته، خیر این‌گونه نیست. بحث درباره نحوه اجرای حکم امام بوده که اگر کوتاهی شده اینها بیایند و توضیح دهند.

نماینده مردم تهران درباره استفاده بیگانگان از سخنانش که از سوی نماینده مجلس مطرح شد، نیز پاسخ داد و یادآوری کرد: در بسیاری مواقع، خود امام (ره) یا خود مقام معظم رهبری صحبت‌هایی کردند و رسانه‌های بیگانه تمجید کردند. مثلا وقتی منشور هشت‌گانه امام صادر شد که تجسس نکنید، شنود نگذارید و از این قبیل مسائل، یک هفته رسانه‌های بیگانه از امام تمجید می‌کردند. این دلیل نمی‌شود که الیاذ بالله امام مخالف انقلاب بوده‌اند.

منتقدین مطهری که در مجلس پیشین ‌نیز تلاش کرده بودند او را تحت فشار بگذارند، روز گذشته فرصت را غنمیت شمرده و با فریادهای خود تلاش کردند نائب‌رئیسی او را هم زیر سوال ببرند و پا را فراتر گذاشته و با تهیه نامه‌ای خواستار سلب صلاحیت مطهری شدند. اقدامی که‌ با استقبال نمایندگان مواجه نشد و از 290 نفر تنها 30 نفراز نمایندگان پای این نامه را امضا کردند.

مطهری در واکنش به حرکت آنها و با تاکید بر این‌که مساله نائب رئیسی هیچ ربطی به این مسائل ندارد که ما حرف حق را نزنیم. گفت: ممکن است در زمان اداره جلسه ملاحظاتی باشد اما هر نماینده‌ای آزاد است نظر خود را بگوید. بحث من هم این بوده که توضیح داده شود و این حرکت شما باطل است.

از سوی دیگر، مصطفی کواکبیان نماینده مردم سمنان در مجلس به حمایت از علی مطهری برخواست و با ارائه اخطار قانون اساسی با استناد به ماده ۸۴ مبنی بر این‌که نمایندگان در قبال تمام مردم مسوولیت دارند و می‌توانند درباره همه امور داخلی و خارجی اظهار نظر کنند، تاکید کرد: تذکر محسن کوهکن در اعتراض به نامه اخیر علی مطهری درخصوص فایل صوتی آیت‌الله منتظری درباره حوادث دهه ۶۰  نادرست است و آقای مطهری به صفت شخصی و همچنین به صفت نمایندگی می‌توانند در هر موردی اظهارنظر کنند.

کواکبیان با بیان این‌که نظر بنده درباره آن فایل صوتی این است که نباید در چنین مقطع زمانی منتشر می‌شد و معلوم نیست چرا این‌گونه شده است، گفت: با وجود این، نمی‌توان در کشور خفقان ایجاد کرد و درست نیست که نگذاریم کسی اظهارنظر کند. نادرست‌تر از این مساله، شعاری است که از سوی یکی از نمایندگان در صحن بیان شد و با وجود این‌که نمی‌خواهم این لفظ نادرست را به زبان بیاورم، باید بگویم که استفاده از چنین الفاظی در شأن مجلس و نمایندگان نیست. زمانی که مهندس باهنر نائب‌رئیس مجلس بود، درباره زمین و زمان و عالم و آدم اظهارنظر می‌کرد اما کسی اعتراضی نداشت.

با این حال این ماجرا و تنش‌ها تنها به صحن علنی ختم نشد. در حالی که مشخص نیست که بحث دقیقا بر سر موضوع فایل صوتی آیت‌الله منتظری و نامه‌ای علی مطهری بوده یا نه اما پس از پایان جلسه علنی مجلس، یعنی زمانی که نمایندگان در راهروی ساختمان هرمی مجلس به سوال‌های نمایندگان رسانه‌ها پاسخ می‌دادند، نادر قاضی‌پور با یک خبرنگار درگیری شد. درگیری که با ضربه‌های فیزیکی این نماینده همراه بود و در نهایت خبرنگار از سوی قاضی‌پور به حراست مجلس برده شد تا از ورود او به پارلمان جلوگیری شود.